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近日，中國(guó)科學(xué)院青島生物能源與過(guò)程研究所與中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所、青島市立醫(yī)院、青島星賽生物等組成的聯(lián)合團(tuán)隊(duì)以原創(chuàng)的臨床單細(xì)胞拉曼藥敏快檢系統(tǒng)(CAST-R)為基礎(chǔ)，研發(fā)了一種單個(gè)細(xì)菌細(xì)胞精度、“鑒定-藥敏-溯源”全流程一體化的幽門(mén)螺旋菌診療技術(shù)CAST-R-HP。成果發(fā)表于《臨床化學(xué)》。

幽門(mén)螺桿菌(Hp)是一種常見(jiàn)的細(xì)菌病原體，主要通過(guò)糞-口、口-口、胃-口傳播，與胃炎、消化性潰瘍和胃癌等多種消化道疾病有密切關(guān)系。據(jù)統(tǒng)計(jì)，幽門(mén)螺桿菌在全球自然人群中的感染率超過(guò)50%，同時(shí)耐藥嚴(yán)重，導(dǎo)致幽門(mén)螺桿菌感染難以根除并且容易復(fù)發(fā)。因此，

建立一個(gè)高效的藥敏診斷、治療與溯源體系，研究幽門(mén)螺桿菌的耐藥性，對(duì)于幽門(mén)螺桿菌感染的臨床治療與防控意義重大。

目前，幽門(mén)螺桿菌耐藥菌鑒定的臨床金標(biāo)準(zhǔn)是內(nèi)鏡檢查與細(xì)菌培養(yǎng)相結(jié)合的藥敏檢驗(yàn)。但是這種方法耗時(shí)很長(zhǎng)：一方面分離和培養(yǎng)胃活檢標(biāo)本中的幽門(mén)螺桿菌需要7-10天，另一方面獲得純培養(yǎng)后開(kāi)展的表型藥敏實(shí)驗(yàn)同樣需要大量時(shí)間。另外，這種方法在實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行，無(wú)法“原位”對(duì)臨床樣品中的病原多樣性進(jìn)行考察。而且只能預(yù)測(cè)部分已知耐藥基因的突變，并存在不同程度的假陰性。因此在臨床治療中藥敏檢驗(yàn)難以推廣，而僅靠經(jīng)驗(yàn)指導(dǎo)用藥根除感染的失敗率非常高。

研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)單細(xì)胞拉曼光譜技術(shù)建立了測(cè)定代謝抑制程度的幽門(mén)螺桿菌藥敏表型快檢技術(shù)CAST-R。團(tuán)隊(duì)首先構(gòu)建了15種臨床常見(jiàn)胃部共生菌的單細(xì)胞拉曼光譜(SCRS)參考數(shù)據(jù)庫(kù)，再利用端到端的深度卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)融合拉曼光譜特征提取與分類模型訓(xùn)練過(guò)程以提升病原鑒定準(zhǔn)確率。CAST-R可以直接從臨床胃黏膜樣品出發(fā)，識(shí)別并鑒定幽門(mén)螺桿菌細(xì)胞。根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果，該技術(shù)的檢測(cè)準(zhǔn)確率達(dá)98.5±0.27%。

CAST-R還可以用于研究耐藥機(jī)制并進(jìn)行全基因組溯源。從臨床樣品中直接識(shí)別特定藥敏表型的幽門(mén)螺桿菌細(xì)胞，并對(duì)其進(jìn)行拉曼分選和核酸擴(kuò)增，通過(guò)基因型驗(yàn)證藥敏表型。為幽門(mén)螺桿菌耐藥性的研究提供了有效手段。

(資料來(lái)源：科技日?qǐng)?bào))

關(guān)鍵詞： 幽門(mén)螺桿菌 拉曼光譜 臨床治療